Jest to najstarszy cmentarz komunalny na terenie obecnego Krakowa. Został założony niedługo po roku 1786 (na skutek dekretu cesarza Austrii Józefa II z 1784 r.) i służył mieszkańcom miasta Podgórze do czasu uruchomienia nowego cmentarza przy ul. Wapiennej w roku 1900 (inne źródła podają datę zamknięcia cmentarza w 1903 r., a późniejsza tradycja ustna podaje rok zakończenia I wojny światowej). W późniejszych latach pochówki mogły odbywać się jedynie do istniejących grobów murowanych. Najstarsza znana inskrypcja na tutejszym cmentarzu pochodzi z roku 1794 i dotyczy grobu Agnieszki Drelinkiewiczówny, zniszczonego podczas budowy ul. Powstańców Śląskich w 1976 r. Największy grobowiec rodzinny wystawili w 1886 r. Zdzieńscy, właściciele Płaszowa, przekształcony następnie w kaplicę, również zniszczoną podczas budowy wspomnianej ulicy. Najczęściej odwiedzanym miejscem na cmentarzu jest grób Edwarda Dembowskiego i 27 poległych uczestników procesji podczas powstania krakowskiego 27 II 1846 r.
Do znanych mieszkańców Podgórza spoczywających na tutejszym cmentarzu należeli: Wojciech Bednarski -(1841-1914) pierwszy kierownik najstarszej szkoły ludowej na Podgórzu, długoletni radny m. Podgórze, 1884 inicjator prac nad utworzeniem parku na terenie d. kamieniołomu na Krzemionkach (obecnie noszący jego imię), społecznik - założyciel Tow. Wzajemnej Pomocy "Rodzina", Tow. Upiększania Podgórza i Stow. Pożyczkowo-Oszczędnościowego "Wzajemna Pomoc". Michał Jordan Stokowski (1763-1840) - prawnik i twórca polskiego języka prawniczego, oficjalny tłumacz austriackich kodeksów na język polski, podkomorzy i konsyliarz, arcystolnik Królestwa Galicji i Lodomerii. Jego unikalny nagrobek jako jedyny został przeniesiony ze starej części cmentarza, następnie został zdewastowany i rozbity. Herman Batruch (1795-1867) - przemysłowiec, właściciel pierwszego w Krakowie młyna parowego, ewangelik żydowskiego pochodzenia. Agnieszka Jałbrzykowska - założycielka pierwszej pensji dla dziewcząt na Podgórzu.
Spoczywają tu również burmistrzowie Podgórza: Józef Chrystian Zoll (1803-1872), Ferdynand Seeling, Emil Serkowski (1822-1900) i Franciszek Maryjewski, vice-burmistrzowie: Stefan Kaczmarski i Franciszek Andrzej Rechman liczni radni i urzędnicy, m.in. Marceli Cieślicki (asesor miejski). Znajdują się również groby malarzy Wojciecha Eliasza i jego syna Władysława Eliasza -Radzikowskiego oraz Aleksandra Kotsisa. Wśród uczestników powstania styczniowego wymienia się Ludwika Zolla (1844-63) studenta UJ, który zmarł w wyniku poniesionych w powstaniu ran. Jako ostatni na tutejszym cmentarzu w 1986 r. został pochowany Ferdynand Zoll, major AK. Grobowiec Zollów jest ostatnim, najwyżej położonym i najbardziej charakterystycznym dla Starego Cmentarza.
Po raz pierwszy cmentarz został znacznie okrojony w latach okupacji w związku z budową przez Niemców linii klejowej. Do decydującego uszczuplenia cmentarza doszło w wyniku poprowadzenia nowej ulicy Telewizyjnej (obecnie Powstańców Śląskich) powstałej w latach 1976-79. Obecny teren cmentarza zajmuje 0,38 arów tj. 25% pierwotnego obszaru - mocno zdewastowany i niszczony również w latach 90-tych. Spośród 424 znanych nazwisk pochowanych, w 1985 r. udało się odczytać 217. Część grobów ze starej części cmentarza została przeniesiona, przy czym w miejsce zabytkowych grobowców powstały jednolite lastrykowe grobowce i nagrobki, obecnie często porozbijane i zniszczone, z zatartymi napisami.